Cerrahpaşa Tıp Fakültesinin kökleri 1827 yılında II. Mahmut tarafından kurulan ve Türkçe eğitim veren çağdaş bir tıp okulu olan Mekteb-i Tıbbiye-i Adliye’ye dayanmaktadır; o okulun devamı niteliğindeki 2 Tıp Faültesinden biridir. 1838 yılında Mekteb-i Tıbbiye-i Adliye’de eğitim Fransızcaya dönmüş ve okul Mekteb-i Tıbbiye-i Şâhâne adını almıştır. 1867 yılında Sivil Tıp Mektebi (Mekteb-i Tıbbiye-i Mülkiye) kurulmuş ve Türkçe (Osmanlıca) eğitim vermeye başlamıştır; ardından 1871 yılında Mekteb-i Tıbbiye-i Şâhâne (Askeri Tıp Mektebi) de Türkçe eğitime geçmiştir. 1909 yılında iki tıp okulu birleştirilerek Dârülfünun Tıp Fakültesi adını almış ve 1933 reformu ile ismi İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi olmuştur. 1967 yılına dek 5 ayrı yerleşkede eğitim veren İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesinin bu dağınık yerleşimin getirdiği zorluklar, artan öğrenci sayısı ve öğretim üyelerinin daha etkin çalışabilmesi amacıyla Çapa ve Cerrahpaşa Yerleşkelerinde birleşerek İstanbul Üniversitesi çatısı altında 2 ayrı Tıp Fakültesi olarak devam etmesine karar verilmiştir. İstanbul Üniversitesi Senatosu’nun 27 Temmuz 1967 tarih-78 sayılı kararı ile Cerrahpaşa Tıp Fakültesi resmen kurulmuştur. Böylece 1827’den beri Osmanlı ve modern Türkiye’de tıp eğitiminin temeli olan İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi 1967’de ikiye ayrılarak Çapa Yerleşkesinde İstanbul Tıp Fakültesi; Cerrahpaşa Yerleşkesinde Cerrahpaşa Tıp Fakültesi adıyla eğitim vermeye devam etmiştir. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi ismini, İstanbul'daki Cerrahpaşa semtine de adını veren Vezir Cerrah Mehmed Paşa’dan almaktadır. 5 Eylül 1967 tarihinde İstanbul Tıp Fakültesinin son toplantısında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nin ilk yönetim kadrosu şu şekilde belirlenmiştir:
Prof. Dr. Celal Öker (Dekan), Prof. Dr. Meliha Terzioğlu, Prof. Dr. Kemal Önen, Prof. Dr. Suat Vural, Doç. Dr. Erdoğan Özdamar, Doç. Dr. Mecdi Ramazanoğlu.
5 Mayıs 2018 tarihli, 30425 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 7141 sayılı kanun ile İstanbul Üniversitesinin bazı fakülte, enstitü, yüksekokul ve meslek yüksekokulları bu üniversiteden ayrılarak "İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa" adıyla kurulan yeni üniversitenin çatısı altında faaliyet göstermeye başlamıştır. Bu bağlamda 1967’den beri İstanbul Üniversitesinin 2 tıp fakültesinden biri olan Cerrahpaşa Tıp Fakültesi de yeni kurulan Üniversiteye adını vererek İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa bünyesine katılmıştır. Ortak mirasa sahip olan İstanbul Üniversitesi ve İstanbul Üniveristesi-Cerrahpaşa kuruluş tarihlerini 1453 olarak kabul etmektedir. Cerrahpaşa
Tıp Fakültesi'nin kuruluş tarihi ise, 2019 yılında Üniversite Senatosu tarafından alınan kararla köken aldığı Mekteb-i Tıbbiye-i Adliye’ye atıfla 1827 olarak Fakülte logosuna işlenmiştir.
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa YÖK tarafından “Araştırma Üniversitesi” olarak ilan edilmiştir.
Üniversite Reformu öncesi Cerrahpaşa Hastanesi İstanbul Belediyesine ait bir hastaneydi. 1911 yılında Takiyüddin Paşa Konağı satın alınarak kurulmuştu. Hastaların ilaçları, yemekleri belediye tarafından karşılanırdı. Fakat klinikler ayrı ve bağımsız çalışırlardı. İlk açılan bölümler dahiliye, kulak burun boğaz servisleri ile verem, frengi hastalarının yattığı intaniye servisleridir. Ameliyathane ve cerrahi servislerin yer aldığı bina ise 1913 yılında tamamlanmıştır.1933 Üniversite Reformu sonrasında, İstanbul 1. İç Hastalıkları Kliniği Cerrahpaşa Hastanesi’nde kurulmuş ve Atatürk’ün de özel hekimliğini yapan Ord. Prof. Dr. Neşet Ömer İrdelp İç Hastalıkları Kliniği Direktörü olmuştur. Neşet Ömer İrdelp adına Cerrahpaşa içinde yapılan amfi 2020 yılında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Rektörlüğü tarafından restore edilerek yeniden kullanıma açılmıştır. Amfinin koridorlarında Neşet Ömer İrdelp’in hayatından kesitleri gösteren fotoğraflar sergilenmektedir. İrdelp’in yazıp imzaladığı Atatürk’ün ölüm belgesinin de bir kopyası bu sergide görülebilir. Üniversite Reformu sonrasında Haydarpaşa’daki Tıp Fakültesi Avrupa yakasına taşınınca Haseki, Cerrahpaşa, Şişli Etfal Hastaneleri hem belediye hem de İstanbul Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı duruma gelmişlerdir. 1967 yılına kadar hem Cerrahpaşa ve Haseki Hastanelerindeki Üniversite Klinikleri ve hem de Belediye Klinikleri iç hastalıkları hizmet ve eğitimine devam etmiştir. Cerrahpaşa Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı’nın geçmişi İstanbul Üniversitesi Dahiliye Kliniklerine dayanmaktadır. İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi bünyesinde 4 adet Dahiliye Kliniği mevcuttu :
1967’de İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesinin 2 Tıp Fakültesine ayrılması sonrasında Cerrahpaşa Yerleşkesindeki tüm Belediye Klinikleri Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’ne verilmiştir. Cerrahpaşa Tıp Fakültesinde bulunan 1.Dahiliye Kliniği ve Haseki Tedavi Kliniği Cerrahpaşa Tıp Fakültesiin Dahiliye Kliniklerini oluşturmuştur. Daha sonra, Prof. Dr. Sedat Tavat’ın Haseki Tedavi Kliniği’nden emekliliğinden kısa bir süre sonra Haziran 1978’de Haseki Tedavi Kliniği de Cerrahpaşa’ya taşınarak o dönemde Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Dekanı olan Prof. Dr. Osman Barlas’ın başında bulunduğu eski adıyla 1. Dahiliye Kliniği ile birleşmiş ve adı Cerrahpaşa Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı’nı oluşturmuştur.
Prof. Dr. Muzaffer Esat Güçhan’nın ardındanklinik direktörü seçilen Prof. Dr. Osman Barlas, Haseki Tedavi Kliniği ile Dahiliye Kliniğinin birleşmesi sonucu oluşan Cerrahpaşa Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı’nın ilk anabilim dalı başkanı olmuştur. Prof. Dr. Osman Barlas Gastroenteroloji ile ilgili idi ve Prof. Dr. Celal Öker’den sonra Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nin 2. dekanı olarak seçilmiştir.
1.Dahiliye Kliniği’nin diğer öğretim üyeleri ise Bezmiâlem’de Prof. Dr. Erich Frank hoca ile çalışan Prof. Dr. Nejat Harmancı (kalp hastalıkları), Prof. Dr. Orhan Ulutin (Hematoloji Bilim Dalının kurucusu) ve Prof Dr. Hakkı Ogan (kalp hastalıkları)’dır.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Dahiliye Kliniğinin 1967 Kadrosu ise şu hocalardan oluşmaktadır:
Prof. Dr. Osman Barlas (Başkan)
Prof. Dr. Kemal Berktin (Pnömoloji)
Prof. Dr. Rauf Saygın (Pnömoloji)
Prof. Dr. Hakkı Ogan (Kardiyoloji)
Prof. Dr. Nejat Harmancı (Kardiyoloji)
Prof. Dr. Orhan Ersanlı (Kardiyoloji)
Prof. Dr. Orhan Ulutin (Hematoloji)
Prof. Dr. Rıdvan Gülbaran (İnfeksiyon)
Prof. Dr. Altan Onat (Kardiyoloji)
Zaman içinde Cerrahpaşa Tıp Fakültesi İç Hastalıkları AD bünyesinde Endokrinoloji, Gastroenteroloji, Genel Dahiliye, Geriatri, Hematoloji, Nefroloji, Onkoloji, Romatoloji ve Yoğun Bakım olmak üzere 9 Bilim Dalı kurulmuştur. Günümüzde 43 Öğretim Üyesi, ve 132 uzmanlık öğrencisi ile Türkiye’nin sayılı İç Hastalıkları Kliniklerinden biri olarak eğitim ve sağlık hizmeti vermeye devam etmektedir.